A diferencia de su predecesor, Halo 2 consta de 15 niveles o misiones del modo campaña,15 y cada uno se desarrolla de manera lineal, pues la historia transcurre a través de ellos:

The Heretic. Es la introducción argumental del juego; en él se menciona como el Inquisidor adquiere el rango de Hereje. Y muestra cómo fue que los humanos localizaron el segundo anillo

The Armory. El Covenant localiza la base de la UNSC en la Tierra, y comenza a atacarla. El nivel es un tutorial que enseña al jugador los movimientos básicos de la mira, desplazamiento, disparos, etc.

Cairo Station. Se desarrolla en una nave con nombre igual al del nivel; ahí Jefe deberá hacerse cargo de los invasores Covenant. Tiene por objetivo salir de dicha nave, con el fin de que Jefe logre llegar a la Tierra y contenga la ofensiva enemiga.

Outskirts. Una vez que el supersoldado arriba al planeta, debe proseguir su misión a lo largo de Old Mombasa, con el fin de llegar hasta la playa de la ciudad. Una vez en ella, debe cruzar una larga carretera para llegar así a su próximo destino. Cabe señarse que es el primer nivel donde se puede conducir un vehículo.

Metropolis. Después de atravesar un gran túnel, el Jefe logra llegar a Old Mombasa, donde debe recorrer la ciudad con el fin de localizar a otros soldados que se quedaron atrás durante la batalla; además, tiene que derrotar una amenaza letal: un Scarab. Pero para ello utiliza la fuerza del tanque Scorpion.

The Arbiter. La historia da un giro hacía el Inquisidor, donde debe localizar y aniquilar a un rebelde herético de la resistencia en las minas de gas del planeta Thershold, lugar sobre el que rotaba el primer anillo Halo.

The Oracle. Después de sobrevolar el área de la mina, el Inquisidor llega a una extraña estación, donde se localiza la principal fuerza de los herejes. Allí, el Inquisidor tiene que evitar que el líder hereje escape del planeta. Además, se revela que fue 343 Guilty Spark quien comenzó la resistencia al contar la verdad a varios soldados Covenant, a parte de que los Flood comienzan a infestar el planeta gaseoso.

Delta Halo. Después de que se contuvieran las fuerzas enemigas en la Tierra, Keyes, Johnson y Jefe realizan un viaje inesperado para salir del la zona de batalla terrestre. Sin embargo, debido a que alcanzaron una velocidad cercana a la de la luz, llegaron a la Instalación 05 por accidente. En él, Jefe deberá buscar un antiguo templo donde se esconde el Profeta del Pesar.

Regret. Una vez que localiza el templo, Jefe busca a Pesar por todo la estructura alienígena, llega finalmente a su base secreta y lo asesina para evitar que éste activara el anillo.

Sacred Icon. El Inquisidor debe buscar el Índice del Halo para comenzar de una vez por todas el Gran Viaje. Pero en su travesía tiene que enfrentarse a hordas de Flood y Centilas, para llegar con un grupo de Elites que se encuentran en un zona inhóspita del colosal anillo.

Quarantine Zone. Continuando con su búsqueda por obtener el Índice, el Inquisidor se topa con Johnson y Keyes, al igual que con Tartarus. Los humanos logran conseguir el artefacto antes que el Covenant, pero estos realizan una jugarreta y logran quitarles el Ícono Sagrado. El Inquisidor logra su misión, pero es traicionado por su compañero Brute lanzándolo hacia un abismo que estaba cerca. Otro Elite, llamado Rtas 'Vadumee apoya al jugador durante el nivel, aconsejándolo sobre lo que debe hacer a continuación.

Gravemind. El nivel toma lugar inmediatamente después de que el líder Flood teletransporta a Jefe, a la estructura llamada High Charity. El objetivo principal es llegar a la sala de control del Delta Halo antes que Verdad, y evitar que con la ayuda del recién obtenido Índice active el anillo. Durante este nivel, la Guerra Civil del Covenant se empieza a gestar, por lo que los enemigos son sólo Brutes. A pesar del nombre del nivel, no aparecen Flood ni la criatura homónima a la cual se hace referencia.

Uprising. Debido a la traición que el Covenant causó a los Elites, el Inquisidor debe enfrentarse contra sus antiguos aliados a lo largo de la Instalación 05 con el fin de reunirse con su camarada Rtas y planear un contraataque.

High Charity. El penúltimo nivel se desarrolla en la ciudad flotante del Covenant, que fue infestada por los Flood. En ella Jefe debe evitar que la estructura Forerunner que se ubica en el centro de la ciudad, sea tomada por Verdad y se dirija a la Tierra para terminar con su llamada «guerra santa».

The Great Journey. Con la ayuda de Johnson, el Inquisidor se dirige hacía la Sala de Control del Delta Halo, con el fin de detener a su adversario Brute. Después de saber la verdad sobre los anillos y de la traición de los Profetas, con la ayuda de un Scarab el Inquisidor irrumpe en la Sala de Control y se enfrenta a Tartarus; dejándolo al borde de la muerte y con la esperanza de que reconociera la razón real de los Halos, el líder Brute ignora las peticiones de Thel y activa el anillo. A pesar de ello, Keyes causa un fallo en el sistema de la estructura al retirar el Índice, dando lugar a que el único método de activación de los mismos sea mediante la llamada «Arca».